2013年3月23日，我所何新建实验室在《The EMBO Journal》杂志在线发表题为“The splicing machinery promotes RNA-directed DNA methylation and transcriptional silencing in Arabidopsis”的论文。该论文报道了模式植物拟南芥中负责购宝钱包 前体剪接的蛋白参与了RNA介导的DNA甲基化（RdDM）和转录水平的基因沉默。

DNA甲基化是一种重要的染色质修饰方式，它有助于维持基因组的稳定，使基因组中的可转座元件处于抑制的状态，它还可以参与基因表达的调控。在模式植物拟南芥中，DNA甲基化的建立主要依赖RNA介导的DNA甲基化途径，但是研究者对其具体作用机制还分析甚少。该研究利用筛选DNA去甲基化酶基因突变体的抑制子，发现了一个基因的突变。该基因的编码蛋白包含锌指结构区域和保守的八次重复区域，是一个尚未研究的植物特异蛋白，被命名为ZOP1。该研究表明，ZOP1参与了RNA介导的DNA甲基化途径。在zop1突变体中，不仅RdDM途径中的RNA聚合酶IV产生的一些小RNA的累积水平受到了影响，而且基因组上很多RdDM靶向位点的DNA甲基化和转录水平的基因沉默也受到了受到了影响。进一步研究发现，RdDM途径中的典型组分的突变（nrpd1、nrpe1或ago4）与zop1突变在某些基因组位点对基因沉默的影响有加性效应，这表明ZOP1对基因沉默的作用并不完全依赖RdDM途径，它还可以顺利获得不依赖RdDM的途径对基因沉默产生作用。

该研究发现，在zop1突变体中，数百个基因的购宝钱包 前体的正常剪接受到了影响，而且ZOP1蛋白可以和很多典型的负责剪接的蛋白相互作用，是一个负责购宝钱包 前体剪接的剪接因子。免疫荧光定位结果表明，ZOP1与负责snRNPs组装的细胞核中的Cajal body 有共定位，这进一步证明ZOP1是一个购宝钱包 前体的剪接因子。以前的研究表明，RdDM途径中的重要蛋白AGO4、RDR2和DCL3也与Cajal body有共定位，这揭示ZOP1在Cajal body的定位与它在RdDM途径中的功能是相关的。在Cajal body以外，ZOP1还可以与RdDM中的重要组分NRPE1和DRM2部分共定位。这些结果有助于揭示ZOP1在RdDM途径中的具体作用机制。作者进一步利用多个其它剪接相关的突变体进行研究，结果表明，在这些突变体中，RdDM和转录水平的基因沉默都收到了影响。这些研究结果表明，植物体中的购宝钱包 前体剪接机器在RNA介导DNA甲基化和转录水平的基因沉默过程中发挥了重要作用，有助于揭示真核生物中购宝钱包 前体剪接机器参与染色质修饰的机制。

北京科学生命购宝钱包 何新建实验室的博士后张翠军、刘军和实验员周进兴是论文的共同第一作者。何新建博士是该论文的通讯作者。其他参与该研究的人员还包括何新建实验室的马泽阳、张素维、窦坤，核酸测序中心的蔡涛博士和黄焕伟，美国加州大学河滨分校的刘仁义博士，以及中科院上海科学生命购宝钱包 逆境生物学研究中心和美国普渡大学的朱健康博士。该研究在北京科学生命购宝钱包 完成，得到科技部和北京市政府的资助。